Para cumplir sus objetivos, se ha dotado a la plataforma de una estructura organizativa, formada por los siguientes órganos:

• Consejo Rector: ejerce la dirección de la plataforma
• Grupo Gestor: ejecuta las actuaciones acordadas por el Consejo Rector y coordina la acción de los grupos técnicos.
• Grupo de Representantes: relaciones con otras plataformas y organizaciones nacionales e internacionales
• Grupo Consultivo: enlace con las administraciones públicas
• Grupos de Trabajo: desarrollan los aspectos específicos relativos a su área de especialización. Inicialmente son los siguientes:

• Grupo de Reducción y Captura
• Grupo de Uso y Almacenamiento
• Grupo de Infraestructuras
• Grupo Aspectos Regulatorios
• Grupo de Difusión e Información

La PTECO2 está estructurada en grupos de trabajo, encargados de elaborar informes y trabajos que ayuden a desarrollar lo establecido en la visión y estrategia para la creación e impulso de una red tecnológica basada en Tecnologías de reducción, captura y almacenaje del CO₂. La posibilidad de formar parte de los grupos de trabajo está abierta a todas las empresas, instituciones, institutos de investigación y universidades con posibilidad de aportar su disponibilidad y conocimientos.